魔法少女リリカルなのはStrikerS

空港火災に巻き込まれた少女、スバル・ナカジマ。災害救助に訪れた魔導師、『高町なのは』の姿に憧れたスバルは、自身も人を救える魔導師を目指し、試験に挑戦する。コンビパートナーのティアナと立ち向かう、試験会場での出会いとは…。[SF/ファンタジー][アクション/バトル]

ある思いから、八神はやてが立ち上げた新設部隊『機動六課』。なのはとフェイトも出向するその部隊に、はやてからのスカウトを受けるスバルとティアナ。一方、ミッドチルダ市街地では、不穏な機械兵器が活動を行っていた…。

機動六課に集結するメンバー一同。前線フォワードメンバー４人は、早速、機動六課の戦技教導官であるなのはの戦闘訓練に挑戦する。機動六課の目的は、危険な古代遺物『レリック』の保守管理。立ち向かうスバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は…。

機動六課フォワード陣となのはの訓練の日々は続く。はやては機動六課設立の協力者でもある聖王教会・カリムの元に赴き今後の事件について相談する。その時、突然の警報が鳴り響く。山岳地帯にガジェットが出現、列車が襲われる緊急事態が発生する。

4人に合わせて生み出されたそれぞれの専用デバイスを手に、スバル・ティアナ・エリオ・キャロの4人は暴走列車へと突入する。なのはとフェイトが守る空の下、4人はそれぞれの戦いに挑む。そして、自身の「竜召喚」の力にかすかな恐れを持っていたキャロは…。

初出動を終え、ますます訓練に熱が入るフォワード陣。陸士108部隊では、はやてがスバルの父・ゲンヤに捜査協力を依頼していた。一方フェイトは、今回の事件の犯人が、自身が追い続けていた広域次元犯罪者である事を知り…。

ホテルオークションの警備を担当する機動六課。ティアナは六課の優秀すぎる隊員達と平凡な自分を比較し、思い悩んでいた。「自分は何故、六課に呼ばれたのか」そんな中、暗躍するスカリエッティと召喚士ルーテシア、騎士ゼスト。ホテル防衛戦の最中、ティアナは懸命に戦うが……。

痛恨のミスショットをしてしまったティアナ。失敗を必死の努力で乗り越えようとするティアナに、パートナーのスバルは協力し、２人で「強くなるため」の努力をする。そして迎える、なのはとスターズコンビの模擬戦の日。２人の新たなコンビネーションに対して、教官であるなのはは……。

苛烈な撃墜が行われた模擬戦。想いがすれ違うスターズ隊のメンバー。それを取り戻す時間もないまま、海上に改良型のⅡ型が現れる。心の整理がつかないスバルとティアナに、シャリオはある出来事を伝える。それはなのはの過去に起こった、ある悲しい事故についてだった……。

好調に進んでゆく訓練の日々。そんな中、第二段階終了のご褒美に「丸一日の休暇」を貰うこととなったフォワード4名。街へと遊びに出かけるスターズ＆ライトニングコンビ。4人の｢平和な休日｣の過ごし方は？

レリックと繋がれた謎の少女を保護した機動六課メンバー。市街地の空と地下水路にガジェットが現れ、対応を急ぐ機動六課。異常事態に、はやては自身の限定解除を申請。そして、一同の前に、新たな敵が姿を現す。

地下と空で続いてゆく戦いと、それを見守る地上本部のレジアス。ルーテシア一行と戦闘するフォワードメンバーと防衛戦を続ける隊長陣。機動六課一同を翻弄するかのように行動する敵「ナンバーズ」に対して一同が取った対抗策とは……。

機動六課によって保護された少女、ヴィヴィオ。先の事件とヴィヴィオの素性について思案を巡らせる一同。ナンバーズらについて思い当たる節のあるスバル。そして、はやてはなのは達に「六課設立の本当の理由」を告げる。

聖王教会・カリムの「預言」という名の危険予測。起こりうる戦いに備えて準備を続ける前線メンバー一同。一方、行き場のないヴィヴィオに対して、なのははある事を心に決める。動き出す事態の中、過去と現在を結ぶ「戦闘機人事件」の真相とは……。

事件捜査のため、機動六課に出向となったギンガ。一方、スカリエッティのアジトでは遂に「ナンバーズ」が全機完成。地上本部襲撃に向けて、着々と準備を進める。そんな中、戦闘機人事件と深い関わりを持つスバルとギンガは……。

公開意見陳述会の当日。警備につく機動六課一同。静かに進んでゆく会の最中、スカリエッティは着々と準備を進める。姿を見せない襲撃者たちの意図を計りかねるなのはたち。そんな中、遂に襲撃は開始される……！

襲われ、破壊されてゆく地上本部と機動六課。壊滅的な敗戦の最中、懸命に戦うフォワード一同。そして、スバルとギンガに待ち受ける運命とは……。達成されてゆく預言の中、機動六課は……。

敗戦の翌日。混乱を隠せないミッド地上と管理局。壊された隊舎と負傷・入院した機動六課メンバー。事件の真相に迫りながら、再起を誓う一同。そして、スカリエッティの真の目的とは……。

艦船アースラを本拠地とした機動六課。戦いに備える一同の元に飛び込んでくる、ナンバーズによるアインヘリアル襲撃事件。そこにいた「１３番目」の戦闘機人。そして、スカリエッティが蘇らせた悪夢の叡智とは……。

地上制圧のため、地上本部へと向かうナンバーズ。明かされるヴィヴィオの出自と誕生の理由。そして、事態を見守る最高評議会の思惑と真意。それぞれの場所で巻き起こる戦いに、六課メンバーは三手に分かれる。

スカリエッティのアジトに突入するフェイトとシャッハ。地上防衛ラインで始まるフォワード陣とナンバーズ・ルーテシアらの戦闘。「再会」を果たすスバルとギンガ。そして、「ゆりかご」に突入したなのはとヴィータは……。

ルーテシアへの説得を続けるキャロとエリオ。アジト内でスカリエッティと対峙するフェイト。ゆりかご内部を進むなのは。危険な戦いは、さらなる激化を続ける。

なのはの眼前で、遂に｢聖王｣としての覚醒を迎えてしまうヴィヴィオ。スバルとティアナ、それぞれに訪れる決着の時。未来を賭け、勇気を込めたその一撃は……。

明かされるゼストとレジアスの過去。エリオとキャロ、そしてフェイト。ライトニング隊の｢戦い｣に訪れる決着と、フェイトの決意とは……。

負傷を負いながらも、ゆりかご駆動炉の破壊に命を賭けるヴィータ。聖王化したヴィヴィオと戦うなのは。残りわずかの時間の中、それぞれの場所に訪れる結末とは…？